هواپیمایی کیش ایر، که با عنوان تجاری کیش ایر شناخته می‌شود یک شرکت هواپیمایی ایرانی است که در ۱۳۷۰ به مرکزیت جزیره کیش تأسیس شد. این شرکت هم‌اکنون جز ۵ شرکت ایرانی عضو یاتا می‌باشد و گواهینامه آیوسا توسط این سازمان دریافت نموده‌است.
شرکت هواپیمایی کیش با هدف توسعه فعالیت ها در جزیره زیبای کیش، از طریق برقراری ارتباط با مراکز استان‌های کشور و اتصال به کشورهای حاشیه خلیج همیشه فارس در سال ۱۳۷۰ تأسیس شد. این شرکت پس از ثبت و دریافت مجوزهای قانونی به عنوان یکی از شرکت‌های تابعه سازمان منطقه آزاد کیش و در قالب یک شرکت سهامی خاص، فعالیت خود را از خرداد همان سال با دو فروند هواپیمای اجاره ای شروع کرد.
پس از طی دوره تأسیس و راه اندازی، از اواخر سال ۱۳۷۲ با تغییر استراتژی و رویکرد شرکت، به‌کارگیری متخصصان کارآزموده و رعایت اصل صرفه جویی و فعالیت مداوم سبب شد تا شرکت در مدت کوتاهی ضمن رفع مشکلات، به پیشرفت‌های قابل ملاحظه‌ای در زمینه بازرگانی، عملیات، فنی، خدمات فرودگاهی و پشتیبانی دست یابد که تحقق چنین اموری، بستر مناسبی را در جهت رشد و سازندگی فراهم آورد.
همزمان با گذراندن موفقیت‌آمیز دو دوره ابتدایی، دوره سوم به نام مرحله بازنگری و شکوفایی شرکت، از اواخر سال ۱۳۷۶ و با تغییر مجدد مدیریت، آغاز شد. کیش ایر در این زمان، ۱۰ فروند هواپیمای اجاره ای شامل هواپیمای یاک ۴۰ و توپولف ۱۵۴ در اختیار داشت که با تغییر سیاست‌های ارزی بانک مرکزی، عدم واگذاری ارز دولتی و افزایش نرخ ارز برای شرکت‌های هواپیمایی، امکان نگهداری و انجام حداقل ساعت پرواز تعیین شده برای آن‌ها عملی نبود؛ لذا به منظور پیشگیری از ضرر و زیان احتمالی، تعداد هواپیماهای اجاره ای کاهش و درعوض، ساعت پرواز هواپیماهای باقیمانده افزایش یافت. از این مرحله می‌توان به عنوان آغاز دوره چهارم، یعنی اتخاذ استراتژی نوینی برای خروج از بحران مربوط یاد کرد.
عدم هماهنگی شرکت‌های غیردولتی به منظور خرید هواپیما و فشارهای ناشی از نرخ بالای اجاره بها با تغییر نرخ ارز سبب شد تفکر خرید هواپیما در کیش ایر بیش از پیش دنبال شود. افق بلند شرکت در جهت استقلال کامل، کارآفرینی و ارتقاء ایمنی، از دیگر شاخص‌هایی بود که کیش ایر را به خرید هواپیما، استفاده از خدمه پروازی ایرانی به جای خدمه پروازی خارجی و انجام امور مهندسی تعمیرات در داخل تشویق می‌کرد.
این امر اگر چه وقت گیر، پرهزینه و پرزحمت بود؛ ولی نتیجه مثبت در ابعاد مختلف، به ویژه اقتصادی برای شرکت، سازمان منطقه آزاد کیش و کشور دربرداشت. اکنون نیز در مرحله پنجم از تاریخچه کیش ایر، مدیریت شرکت توانسته‌است سیاست استراتژی نوین خویش را به مرز بلوغ برساند که ثمره آن را می‌توان افزایش ناوگان ملکی و نیز جایگزینی هواپیمای غربی به جای هواپیمای شرقی دانست و در حال حاضر این شرکت دارای ۱۱ فروند هواپیما در ناوگان خود می‌باشد.
