شرکت هواپیمایی زاگرس در سال ۱۳۸۴ با ثبت در منطقه آزاد اروند و با ورود دو فروند هواپیمای توپولوف فعالیت خود را آغاز کرد و در سال ۱۳۸۶ دو فروند هواپیمای بویینگ MD به ناوگان خود اضافه کرد. اولین پرواز بین‌المللی زاگرس در سال ۱۳۸۷ با پرواز در مسیر تهران – دمشق انجام شد. در حال حاضر این شرکت یکی از هواپیماهای خود با کد ثبتی EP-ZAD را از خط پرواز خارج نموده و از قطعات آن برای سایر هواپیماهای MD استفاده می‌نماید.
در حال حاضر این شرکت دارای ۲۰ فروند هواپیما، شامل ۷ فروند ایرباس ای۳۲۰، ۱ فروند ایرباس ای۳۱۹، ۲فروند ایرباس ای۳۲۱، ۳ فروند مک‌دانل داگلاس ام‌دی۸۳ و ۶ فروند مک‌دانل داگلاس ام‌دی-۸۲ است. همچنین این شرکت در ۱ تیر ماه ۱۳۹۶ تفاهم‌نامه اولیه برای خرید ۲۸ فروند هواپیمای جدید را با ایرباس منعقد نمود.
